南京大学医学院附属鼓楼医院输血科成立于2006年，负责向临床提供安全、可靠的输血相容性检测和供血服务，参与疑难/特殊血型的输血治疗病例会诊、提供合理用血咨询；开展输血相关实验室诊断、实施临床输血治疗及输血新技术的推广、及进行医院输血管理和合理用血指导等工作。输血科现有职工18人（高级职称1名，中级职称7名，初级职称10名），主任医师1名，医师2名，主管技师6名，技师8名，助理研究员1名，其中博士1名，硕士5名。负责本部和江北两个院区的输血相关工作。科室目前拥有多台全自动血型分析仪和血库系统、ACLTOP700全自动凝血分析仪、Hemostasis Analyzer 5000血栓弹力图仪、PL-12全自动血小板聚集功能分析仪、PFA-200血小板功能分析仪，ESCO生物安全柜、PCR仪及血小板振荡保存箱、血库专用离心机、TG12毛细管血液离心机、光学显微镜等一大批的先进的输血检测设备。
输血科为落实输血质量、精准用血，建立了输血前血栓与止血检测平台，在凝血因子、狼疮抗凝物检测和诊断方面积极拓展；发展了输血前止血与血栓检测,输血不良反应的血液安全监测和血小板抗体检测与交叉配型等亚专科方向。同时，开通了输血医学科门诊，向患者提供：临床输血治疗、围手术期患者血液管理、特殊用血输血评估、稀有血型确诊、输血相关性止血与凝血检测、血液成分的输注治疗等方面的咨询和检测。
输血科是江苏省输血协会医院输血技术专业委员会、南京医学会临床输血学分会挂靠单位，现为江苏省医学会输血医学分会候任主委单位。科室内部建立了完整的输血质量管理体系，于2017年通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）医学实验室ISO15189认可。科室成立以来以患者血液质量安全为中心，注重输血质量管理，多次获得医疗质量奖、中国医院协会患者安全优秀案例、中国医院管理案例评选优秀奖、中国现代医院管理典型案例评选优秀组织奖、国家卫生健康委医疗管理服务指导中心安全案例评选提名案例等；获得江苏省“先进临床输血科”、南京鼓楼医院最佳文明窗口、医疗行风“优质奖”、“最佳医疗质量奖”等称号。
输血科先后承担各类基金项目13项，其中1项国家自然科学基金，1项省自然科学基金，3项省级横向课题，2项市级课题。发表论文近20篇，其中5篇SCI论文。参与项目获得了江苏省医学新技术引进二等奖、江苏医学科技奖三等奖及南京市新技术二等奖。