呼吸与危重症医学科创建于1954年，是国家呼吸临床研究中心核心单位、中国罕见病联盟呼吸病学分会成员单位、江苏省临床重点专科、国家PCCM规范化建设优秀单位、间质性肺疾病规范化诊疗项目示范中心、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科医师进修基地。南京大学、南京医科大学、南京中医药大学博士、硕士学位授予点，东南大学、中国药科大学硕士培养点，南京大学博士后流动站。以弥漫性肺疾病诊断和治疗为特色，逐步形成了针对以间质性肺疾病为主体的呼吸疑难病及危重病诊治体系及多学科专家团队。

现开设2.5个普通病区（11A、11B、江北A71），1个呼吸重症监护室（RICU 14张床位），合计编制床位134张，设置有门诊、门诊综合诊疗室、呼吸内镜中心、肺功能室、睡眠呼吸疾病诊疗室、专科病房。开设哮喘、COPD、戒烟、肺小结节多学科、肺间质病多学科等门诊。

临床工作：为2019年首批获中国医师协会呼吸分会认定的7家间质性肺疾病（ILD）诊疗示范中心，并建立了江苏省省级ILD诊疗协作组。开展呼吸内镜及介入相关新技术，如：超声支气管镜、内科胸腔镜、电磁导航引导下肺小结节活检术、电磁导航引导下肺小结节消融术、硬质支气管镜冷冻肺活检等介入新技术、DSA引导下右心漂浮导管及肺动脉造影术。

科研工作：以临床需求为导向，坚持转化医学理念，利用科室疑难病、罕见病病例数多的优势，着重于肺泡蛋白沉积症、特发性肺纤维化等罕见病的基础与临床研究、皮肌炎继发间质性肺炎相关临床研究，此外也专注于肺部感染、肺部肿瘤相关基础研究，累计承担国家自然科学基金项目20项，参与科技部国家重点研发计划罕见病临床队列研究1项、卫生部重点专项子课题2项，承担江苏省社会发展重点项目、省科技厅社会发展项目、江苏省科教强卫重点项目、江苏省自然科学基金、省六大人才高峰资助项目等20余项课题。主编与呼吸疑难病诊治相关《肺弥漫性疾病-临床、影象与病理》，《实用间质性肺病学》，《实用间质性肺病学，第2版》，《呼吸系统疑难病例诊疗辨析》专著4部，参编《中国第一批罕见病目录释义》。

教学工作：南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、徐州医科大学、江苏大学博士学位、硕士学位授予点。国家住院医师规范化培训基地、首批国家呼吸与危重症医学科PCCM专科医师规范化培训基地、江苏省呼吸内科进修基地，每年培训大量来自省内外的住院医师、专科医师、进修医师专科护士等。每年举办国家级继续教育项目“弥漫性间质性肺疾病诊治进展”，2019年度主持与举办全国间质性肺疾病会议。PCCM专培学员在专培期间获得国家自然基金青年项目以及发表多篇SCI论文。