神经外科系江苏省临床医学重点专科、南京市临床医学重点专科、国家卫健委住院医师规范化培训基地、全国首批神经外科专科医师规范化培训基地、国家卫健委神经介入进修与培训基地、国家卫健委神经重症进修与培训基地、中国医师协会神经内镜培训基地、江苏省神经外科专科护士培训基地、南京大学神经外科研究所。为南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学等高校硕、博士研究生培养基地，博士后流动工作站。展开床位205张，年手术量超5000台。科室拥有医师 53 人，其中主任医师 8 人，副主任医师 14 人，博士生导师 3 人，硕士生导师 8 人。科室借鉴国际一流学科建设理念，进一步优化亚专业设置，有5个病区及1个独立的神经外科重症监护室，拥有脑血管病显微外科、神经介入、神经肿瘤、脊髓疾病、功能神经外科、神经内镜和神经创伤与重症7个亚专业。科室拥有多种高端设备，如蔡氏显微镜、神经导航、神经电生理、多普勒超声、术中B超、超声吸引、超声骨刀、32排移动CT、神经外科手术机器人和专用复合手术室。

脑血管病的外科治疗是科室特色技术之一，目前开展血管内介入治疗、锁孔开颅手术、介入与开颅联合的复合手术、颅内外血管搭桥、颈动脉内膜剥脱、颅内血管重建等，涵盖各种脑、脊髓血管病的外科处理，包括脑动脉瘤、脑动静脉畸形、海绵状血管瘤、烟雾病、硬脑膜动静脉瘘、脊髓血管畸形、颈动脉与椎动脉狭窄或闭塞性疾病等，年手术量超1200例。功能神经外科是科室另一个特色亚专业，涉及三叉神经痛、面肌痉挛、舌咽神经痛、痉挛性斜颈、帕金森病等功能性疾病的微创手术和脑深部电刺激（DBS）治疗，年手术量接近1000例。同时，成立神经肿瘤多学科诊疗中心，对颅内肿瘤进行个体化、系统性的综合诊疗，不断改良颅底手术入路，显微镜与神经内镜并重，神经肿瘤年手术量超1000例。目前科室已成立癫痫治疗中心，积极推进癫痫的外科治疗和基础研究。

学科团队长期致力于脑血管疾病、神经肿瘤、颅脑创伤和颅神经疾病的临床和基础研究，获省部级科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖2项，江苏省医学新技术引进一等奖1项、二等奖6项，江苏医学科技二等奖4项；近3年获国家自然科学基金11项，其中重点项目1项。获江苏省自然科学基金3项、南京市杰出青年人才基金2项，4人入选江苏省双创人才计划，获得王忠诚中国神经外科医师学术成就奖1人、青年医师奖1人。2020年成立南京大学神经外科研究所，致力于打造一个医疗特色鲜明、科研平台彰显、杰出人才辈出的学科。